A nova história segue os esforços heróicos da agência de criptografia zoológico Monarch como seus membros enfrentam uma bateria de monstros do tamanho de Deus, incluindo o poderoso Godzilla, que colide com Mothra, Rodan e seu inimigo final, o rei de três cabeças Ghidorah. Quando essas antigas superespécies - pensadas como mitos - voltam a crescer, todas disputam a supremacia, deixando a própria existência da humanidade na balança.